Prieš kelis šimtus metų Vilkaviškio miesto vietoje siūbavo neįžengiami ir pelkėti miškai.
Birštono girios, kurios pakraštys XVI a. siekė Prūsijos sieną, tankumyne žviegė šernai, o lokiai laužydavo lazdynus. Tai buvo gynybinė, natūraliai susidariusi pasienio erdvė, skyrusi lietuvius nuo prūsų. Vėliau Lietuvos didžiąją kunigaikštystę nuo kryžiuočių antpuolių. Bet didžiausią triukšmą keldavo vilkų, staugusių mėnesienoje, gaujos.
Žinoma, kad 1620 m. kaime vardu Vilkaviškis, Stepono Paco iniciatyva iškilo medinė „Švenčiausios Marijos Panos apsilankymo bažnyčia“. Tačiau apie miesto vardo kilmę išlikusios tik legendos ir padavimai. Gyvenvietė pradėjo kurtis „prie Šeimenos upės, toje vietoje, kur į ją įteka Vilkauja“. O kodėl Vilkauja?
Didelė dalis šaltinių porina, kad girių tankumyne vyko intensyvi medžioklė. Neapgyvendintuose miškuose knibždėjo žvėrys. Ko gero daugiausiai buvo sunaikinama vilkų, nes jų gausa kėlė pavojų pirmiesiems naujakuriams.
Per Birštono girios pakraštį tekėjusi upė ar upelis suteikė pirmąjį vietovardį – Vilkauja. Manoma, kad upelio pavadinimo kilmė kilo nuo dviejų žodžių – vilką veja. Didesnė upė sudaranti santaką su Vilkauja buvo pavadinta Šeimena. Lenkų istorikai 1854 m. teigė, kad Šeimena lenkų kalba reiškia draugiją arba tarnybą. Manė, kad gyvenvietė esanti prie Vilkaujos ir Šeimenos žiočių buvo įkurta pirmųjų medžiotojų draugijos.
Bronius Kviklys enciklopedijoje „Mūsų Lietuva“ pateikia įvairių miesto vardo kilmės variantų. Manoma, kad „šaltomis žiemos dienomis vilkai užpuldinėdavo ramius gyventojus. Šie negalėdami nuo jų apsiginti, ėjo būriais vilkus kauti. Ilgainiui tą upelį prie kurio kaudavo vilkus, ėmė vadinti Vilkauja.“ B.Kviklio nuomone miesto vardas susietas tik su vilku. Mažiau tikėtina, kad vietovėje apsigyveno žmogus su vilko pavarde. Kalbininko A.Vanago nuomone „miesto vardas yra priesagos _iškis vedinys iš upės, prie kurios įsikūręs miestas.“ Anksčiau buvo vadinamas Vilkaujiškis, tačiau patogesniam tarimui pasirinktas Vilkaviškis.
Gražiausią skaitytą padavimą apie Vilkaviškio vardą, 1938 metais miesto savivaldybės išleistame leidinyje, pateikia Vilkaviškio burmistras Antanas Sajeta: „Lygus Sūdavos kraštas senovėje miškais liūliavo. Jis buvo ir priešams, ir saviesiems nepereinamas. Tik vėliau žmonės pradėjo tuos miškus retinti, kurti naujas sodybas. Mažėjo Sūdavos miškai, lietuvio kirvio paliesti. Bet vis dar liko jų dideli plotai. Nuo Prienų, Marijampolės ir vokiečių sienos ligi Nemuno ėjo miškai. Tuos miškus raižė upeliai, juose telkšojo pelkės ir balos.
Ne kartą į šiuos miškus atkreipdavo akį lietuvis, ne kartą į juos mėgino įžengti drąsus medžiotojas. Atsirado drąsuolis nebijantis pelkių ir žvėrių. Ilgai klajojęs rado vieną aiškesnę vietą. Dviejų nedidelių upelių santaką. Prie jos netoli buvo plati aukštuma. Grįžęs saviškiams papasakojo apie naują atradimą. Bet baisėjosi vieno dalyko – daugybės vilkų.
- Prie to upelio tikra vilkauja, tiek daug vilkų.
- Tai mes į tą vilkaują ir eisime gyventi? – klausė jo artimieji.
Todėl teko prie aukštumos esančiam upeliui Vilkaujos vardas. Atsiskyrusi šeima nuėjo į miškų tamsumą ir su kitais žmonėmis retai pasimatydavo. O kiti ne pavarde tą žmogų žinojo, o tik kaip Vilkaujos gyventoją.
Netrukus jo sodyboje išsikirto skynimus, išplėšė kelmus, o puikioje žemėje atsirado derlingos varsnos. Ir pasklido apie tą vilkaujiškį, Vilkaujos gyventoją, gandas po plačias apylinkes, pasiekė net aukštus ponus. Išsirengę į medžioklę ir jie norėjo pamatyti tą vienišą girių gyventoją, žmonių Vilkaujiškiu vadinamą.
Nuo tada Vilkaujiškis džiaugėsi, gerėjosi ne tik sodyba, bet ir brangiais svečiais. Jo vardo nepamiršo ir ponai, o jo sodyba tapo medžiotojų sąskrydžio vieta.
Bėgo metai, miškai siaurėjo, o Vilkaujiškis dar plačiau garsėjo. Atsirado ir daugiau toje vietoje gyventojų, bet visi tik Vilkaujiškį težinojo. Tada pradėjo kirsti į naują sodybą naujus kelius, ir keliavo pro ją iš Prūsų į Kauną. Iš Sūduvos gilumos į Panemunę. Žmonės toli toli žinojo Vilkaujiškį, net už Lietuvos sienų. Tačiau niekas nemanė, kad tuo vardu buvo pavadintas pirmas tos vietos gyventojas.
Žmonės kalbėjo:
- Pro kur važiuosi?
- Pro Vilkaujiškį.
- Tai gal ruošiesi į patį Vilkaujiškį važiuoti?
- Anądien buvau Vilkaujiškį, – dabar nevažiuosiu.
Taip atsirado Sūdavos žemėlapyje nauja vieta – Vilkaujiškis. Tačiau sunkus miestelio vardo tarimas pamažu ėmė keistis į lengvesnį, sklandesnį ir netrukus visi žmonės mielai sutiko perkrikštą – Vilkaviškį.
Dabar Vilkauja sunykusi, nėra miškų. Likusioje aukštumėlėje dalis miesto ir dvaras. Vikaviškis išsiplėtęs trylikos kelių žvaigždėje. O kitados čia Vilkaujos būta ir Vilkaujiškio gyventa.“